Согласно преданию, в августе 1357 года святитель исцелил Тайдулу, ослепшую жену ордынского хана Джанибека. Н икакие врачи не могли вернуть ей зрение, и она решила обратиться к святителю Алексию, о котором слышала как о святом муже. В Москву явились ханские послы с письмом к великому князю. «Мы слышали, — писал Джанибек, — что есть у вас служитель Божий, который если о чем попросит Бога, то Бог слушает его. Отпустите его к нам, и если его молитвами исцелеет моя царица, будете иметь со мною мир; если же не отпустите его, пойду опустошать вашу землю». Смутился смиренный святитель, когда великий князь передал ему грамоту хана. Любовь к Отчизне и Святой Церкви не позволяла отказаться от исполнения воли грозного хана. Но как принять на себя такое тяжелое дело? «Прошение и дело сие превышают меру сил моих, — говорил святитель князю, — но я верю, что Тот, Который дал прозреть слепому, не презрит молитвы веры».

Святитель начал готовиться в путь. Со всем клиром совершил он молебствие перед иконой Божией Матери и перед ракой святителя Петра, почитание которого широко распространилось в годы правления митрополитов Феогноста и Алексия. Во время молебна внезапно на глазах у всех сама собой зажглась свеча при гробе святителя. Митрополит Алексий разделил чудесную свечу на части, раздал ее в благословение предстоявшим и, сделав из остатка малую свечу, взял ее вместе с освященной водой для совершения нового молебствия в Орде. Святитель отслужил над болящей молебен с чудесной свечой, окропил жену хана святой водой, и Тайдула стала видеть. Признательный хан подарил святителю перстень, а Тайдула выдала ему ярлык, датируемый ноябрем 1357 года, согласно которому Русская Церковь, молящаяся за ханов, освобождается от всех даней, поборов и насилий со стороны светских властей. Святитель, совершив чудо, возвратился на родину, а Тайдула потом не раз еще ходатайствовала за Русь.

Пока великий князь Димитрий Иоаннович не был совершеннолетним, митрополит Алексий фактически управлял великим княжеством Московским и добивался его возвышения как духовного и политического центра Руси. 

Заслугой святителя Алексия является основание и возобновление целого ряда монашеских обителей. Владыка придавал большое значение созданию общежительных монастырей. В конце 1376 — начале 1377 гг. он благословил учредить общежитие  в обители преподобного Сергия. Произошло это при таких обстоятельствах. В Троицкую обитель прибыли из Константинополя посланцы Вселенского патриарха. Поклонившись игумену, они сказали: «Патриарх Константинопольский кир Филофей благословляет тебя». Затем гости передали преподобному Сергию подарки патриарха — крест, параман и схиму — и патриаршее послание. Преподобный спросил посланцев: «Не к другому ли кому вы посланы? Кто я, грешный и недостойный, чтобы мне получать дары от патриарха?» — «Нет, отче, — ответили они, — мы не ошиблись относительно тебя, святой Сергий. Мы посланы именно к тебе». Старец поклонился им до земли, пригласил их на трапезу и, хорошо угостив, повелел братии устроить посланцев Константинопольского патриарха в обители. Сам же отправился к митрополиту Алексию, чтобы рассказать о приезде греков. Святитель повелел прочитать послание, в котором были такие слова: «Услышав о твоей добродетельной жизни в Боге, мы горячо возблагодарили и прославили Создателя. Одного правила вам недостает — у вас не устроено общежитие. Ты знаешь, Преподобный, что сам богоотец пророк Давид, все исследовавший своим разумом, выше всего поставил общежитие: „Что может быть лучше и прекрасней, чем жить братиям вместе” (Пс. 132, 1), поэтому и я даю вам благой совет устроить в вашей обители общежитие. Милость Божия и наше благословение да пребывают с вами».

Старец спросил митрополита: «Что повелишь, святой владыка?» — «Сам Бог прославляет славящих Его, — ответил святитель. — Он сподобил и тебя такого блага, что твое имя и твоя жизнь стали известны в далекой стране и даже сам великий Вселенский патриарх шлет тебе советы на общую пользу. Мы благодарим святейшего патриарха за наставление и от всей души то же советуем». 

С того времени в Троицкой обители было введено общежитие. Преподобный Сергий распределил братию по послушаниям: одного сделал келарем, других определил в повара и хлебопеки, третьего поставил ухаживать за больными. Для соблюдения порядка в церкви игумен выбрал экклесиарха, потом параэкклесиархов, пономарей и т. д. Он повелел братии твердо следовать заповедям святых отцов, не иметь никакой собственности, но все считать общим. 

Святитель Алексий стоял у истоков успешной борьбы великого княжества Московского против ордынского ига. Лояльно относясь к власти мусульманских правителей, он в то же время последовательно проводил политику, направленную на создание союза русских княжеств, могущего противостоять военной угрозе со стороны Орды. О значительной роли святителя Алексия в общерусской политической жизни свидетельствует возникновение с его времени практики скрепления митрополичьей печатью межкняжеских соглашений. В 1371 году митрополит благословил и проводил до реки Оки на пути в Мамаеву Орду великого князя Димитрия Иоанновича.

Предчувствуя убавление сил и приближение конца земной жизни, в конце 1377 года митрополит Алексий призвал к себе игумена Сергия Радонежского. Во время их беседы митрополит повелел принести золотой крест, украшенный драгоценными камнями. Смиренно поклонившись, Преподобный ответил: «Прости меня, владыка, от юности я не был златоносцем, а в старости желаю тем более пребывать в нищете». — «Знаю, возлюбленный, — сказал ему архиерей, — что такова была твоя жизнь с юности, но ныне сотвори послушание — прими данное нами тебе благословение».

По молитвам у мощей святителя Алексия со времени их открытия совершались многочисленные чудеса, отмеченные в летописи. В 1522 году, во время нашествия крымского войска хана Мехмед-Гирея, святитель Алексий вместе с другими российскими чудотворцами явился жителям Москвы в видении крестного хода с чудотворной Владимирской иконой Божией Матери, знаменуя небесное заступничество от врагов. Известны устные свидетельства о чудесах святителя. «Всем христианом в бедах помощник и граду Москве велий заступник, недугующим врач безмездный, и сущим в нуждах и скорбех готовейший утешитель, и ходатай теплый ко всех Царю, Христу Богу» — так говорится о митрополите Алексии в каноне на обретение его честных мощей.

Ныне честные мощи святителя Алексия, митрополита Московского, покоятся в московском кафедральном Богоявленском соборе в Елохове. 

Яко апостолом сопрестольна,/ и врача предобра, и служителя благоприятна,/ к раце твоей честней притекающе, святителю Алексие, богомудре чудотворче,/ сошедшеся, любовию в память твою светло празднуем,/ в песнех и пениих радующеся и Христа славяще,/ таковую благодать тебе даровавшаго исцелений// и граду твоему великое утверждение.

Божественнаго и пречестнаго святителя Христова,/ новаго чудотворца Алексия,/ верно вси поюще, людие, любовию да ублажим, яко пастыря великаго,/ служителя же и учителя премудра земли Российстей./ Днесь, в память его притекше, радостно возопием песнь богоносному:/ яко имея дерзновение к Богу, многообразных нас избави обстояний, да зовем ти:// радуйся, утверждение граду нашему.

О пречестная и священная главо и благодати Святаго Духа исполненная, Спасово со Отцем обиталище, великий архиерее, теплый наш заступниче святителю Алексие! Предстоя у Престола всех Царя и наслаждаяся Света Единосущный Троицы и херувимски со Ангелы возглашая песнь Трисвятую, велико и неизследованное дерзновение имея ко Всемилостивому Владыце, молися паствы твоей спасти люди, единородный ти язык, благостояние святых церквей утверди, архиереи благолепием святительства украси, монашествующих к подвигом добраго течения укрепи: град сей (или: весь сию: аще во обители: святую обитель сию) и вся грады и страны добре сохрани и веру святую непорочну соблюсти умоли: мир весь умири, от глада и пагубы избави ны и от нападения иноплеменных сохрани нас: старыя утеши, юныя накажи, безумныя умудри, вдовицы помилуй, сироты заступи, младенцы возрасти, немощствующия исцели и везде тепле призывающих тя и с верою притекающих к раце честных и многоцелебных мощей твоих, усердно припадающих и молящих ти ся, от всяких напастей и бед ходатайством твоим свободи, да зовем ти: о, Богоизбранный пастырю, звездо всесветлая мысленныя тверди, тайнаго Сиона необоримый столпе, миродохновенный цвете райский, всезлатая уста Слова, Московская похвало, всея России украшение! Моли о нас Всещедраго и Человеколюбиваго Христа Бога нашего, да в день страшнаго Пришествия Его шуияго стояния избавит нас и радости святых причастники сотворит, со всеми святыми во веки. Аминь.