В 1988 году Русская Православная Церковь отмечала знаменательное событие в церковной и общественной жизни – 1000-летие Крещения Руси. С этой памятной даты начался процесс возвращения храмов Русской Православной Церкви. За несколько лет до этого, в октябре 1983 года Церкви был возвращен Свято-Данилов монастырь, который стал базой для подготовки празднования. После празднования один за другим храмы стали открываться для прихожан. В связи с этими событиями директор Центрального музея древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева (ЦМиАР) Софья Владимировна Вашлаева обратилась к наместнику Свято-Данилова монастыря архимандриту Тихону (Емельянову) с предложением о периодическом осуществлении богослужений монахами в Спасском соборе Андроникова монастыря, территория которого с 1947 года по распоряжению И.В. Сталина была передана вновь образованному музею. 

17 июля 1989 года, в день памяти преподобного Андрея Рублева при участии братии Свято-Данилова монастыря около  Спасского собора был совершен молебен.

К Рождеству Христову 1990 года был подготовлен временный одноярусный иконостас с иконами из Данилова монастыря. Накануне праздника храм был освящен малым чином благочинным Свято-Данилова монастыря архимандритом Лукой (Пинаевым). На литургии ему сослужили иеромонах Мефодий (Морозов) и иерей Вячеслав Савиных.

В дальнейшем службы совершались по двунадесятым праздникам. В храме никаких работ не проводилось.

В 1991 году отец Вячеслав Савиных получил благословение владыки Арсения (Епифанова): начиная с праздника Рождества Богородицы служить и по воскресным дням. Постепенно образовывался приход. Приказом патриарха Алексия II от 23 марта 1991 года иерей Вячеслав назначен настоятелем храма Спаса Нерукотворного Образа в Спасо-Андрониковом монастыре города Москвы.

С отцом Вячеславом в храм пришел регент Борис Павлович Кутузов. С самого начала на всех богослужениях пели древним  знаменным распевом .

Первое приходское собрание состоялось 26 марта. Его от епархиального совета возглавил протоиерей Дмитрий Акинфиев. Первым старостой прихода был избран Андрей Дмитриевич Пичугин, прихожанин Данилова монастыря, а казначеем избрали Вячеслава Васильевича Серафонова.

Приходу была выделена небольшая комната в одном из помещений ЦМиАР. Приходилось работать в очень стесненных условиях. Поэтому в 1992 году прихожане взялись за восстановление Авраамиева Богоявленского монастыря в городе Ростове Великом. В 1993 году там было учреждено подворье Андроникова монастыря, преобразованное в 1994 году в ставропигиальное патриаршее подворье.

В 1993 году был также устроен скит в 50 км от города Ростова (в урочище Лаврентьев Холм – в 5 км от села Титово Борисоглебского района Ростовской области).

В Спасском соборе в том же 1993 году решили найти место древнего престола. Обратились к директору ЦМиАР С.В. Вашлаевой и получили разрешение на проведение изыскательских работ. Во время этих работ под алтарем собора были обретены мощи начала XV века шести монахов. В связи с этим собор 4 января 1994 года посетил Святейший Патриарх Алексий II, который одобрил проведенные работы и благословил приход на дальнейшие изыскания.

В 1995 году приходу было передано здание древней монастырской часовни «Проща»  на Тулинской улице (по ходатайству прихода теперь этой улице присвоено имя Сергия Радонежского). Часовня была восстановлена к 2000 году. В настоящее время в ней служатся молебны и панихиды, находится церковная лавка.

В 1998 году приход получил права на земельный участок рядом с монастырем, где ранее находилось древнее монастырское кладбище. А в 2000 году на этом участке началось строительство храма во имя святого благоверного великого князя Димитрия Донского, который был освящен 20 декабря 2015 года.

В 2015 году приобретена земля близ уничтоженного в 1920-е годы древнего колодца, ископанного святым игуменом Андроником на берегу реки Яузы в 200-х метрах от монастыря, для восстановления Святого колодца и строительства часовни. Сейчас там установлен поклонный крест.

Одновременно с организацией прихода стала формироваться библиотека духовной литературы. В настоящее время в ней собрано около 2000 книг.

Школа знаменного пения была создана для обучения древнерусскому пению, расшифровки древних нотных рукописей, для популяризации этого вида церковного пения. Неоценимый вклад в эту деятельность внес основатель хора Борис Павлович Кутузов.

Издательская деятельность прихода началась в 1992 году с выхода первого сборника статей по церковному искусству «Хоругвь», а также нот – расшифровок с крюковых рукописей древнего распева.

Иконописная мастерская была организована с момента получения дополнительных помещений в 1993 году. Иконописцы прихода: Андрей Ремнев, Владимир Сидельников, Игорь Пеньков, Матвей Шибаев, Александра Данилина, Алла Карнаушенко.

Со времени образования прихода были рукоположены: иерей Александр Парфенов (1993 г.), иерей Леонид Калинин (1996 г.), иерей Анатолий Копалкин (1997 г.), диакон Александр Самсонов (1997 г.), диакон Виктор Хлопков (1997 г.). Прихожанин Сергий Логинов по окончании Московской духовной семинарии (2000 г.) посвящен в псаломщики-чтецы.

В настоящее время богослужения проходят в Спасском соборе, храме Димитрия Донского, часовне «Проща».