По инициативе руководства и сотрудников музея в Спасском соборе  Андроникова монастыря были возобновлены богослужения. 16–17 июля 1989 года, в первую годовщину прославления преподобного Андрея Рублева в лике святых, в соборе были совершены первое после закрытия обители всенощное бдение и Божественная литургия. С 1990 года богослужения в Спасском соборе проводятся регулярно. Настоятелем его назначен протоиерей Вячеслав Михайлович Савиных, известный иконописец. Служат в соборе отец Анатолий Копалкин (он бывший сотрудник Музея имени Андрея Рублева, работал в фонде хранения икон), диакон отец Александр Самсонов и псаломщик-чтец Сергий Логинов.

С организацией общины Спасский собор Андроникова монастыря стал не только духовным и культурным центром Москвы. Отцом Вячеславом была организована иконописная мастерская, где созданы великолепные иконы для Спасского собора: «Преподобные Андроник и Савва», «Преподобные Андрей Рублев и Даниил», «Преподобный Сергий Радонежский», «Преподобный Сергий Радонежский в житии», «Святитель Московский митрополит Алексий», «Святая Троица». Иконописная мастерская Спасского собора – одна из лучших не только в Москве, но и в России. Ее иконописцы были одними из первых, кто возрождал утраченные в советский период традиции древнерусской церковной живописи. Иного и быть не могло – ведь с Андрониковым монастырем и его Спасским собором связаны имена величайших иконописцев Древней Руси – преподобных Андрея Рублева и Даниила.

Ныне в соборе находится икона устроителей обители преподобных Андроника и Саввы. Она написана в XIX веке, происходит из самого Спасского собора, считалась утраченной. Настоятель собора протоиерей Вячеслав Савиных, просматривая в библиотеке Свято-Данилова монастыря рукописный журнал «Андрониковский сборник» конца 1920-х годов, нашел в нем фотографию той самой иконы с пометкой «Церковь Иерусалимского подворья». Автор «Сборников» священник Сергий Дубровин, впоследствии архимандрит Андроник, подписывал свои статьи как «Настоятель церкви Иерусалимского подворья».

Настоятель Спасского собора и прихожане обратились в храм Воскресения Словущего Иерусалимского подворья на Арбате и в его хранилище обнаружили икону первых игуменов Спасо-Андрониковой обители. Скорее всего, отец Сергий в свое время спас не одну икону разоренного монастыря, перенеся их в храм Воскресения Словущего, который никогда не закрывался и где служил батюшка. 17 ноября 1996 года икону торжественно передали общине Спасского собора. После реставрации она заняла свое место в храме.

На стенах Спасского собора совсем немного икон, почти все они современные. Среди них уникальная икона, которой нет ни в одном православном храме: образы третьего и четвертого настоятелей Спасо-Андроникова монастыря – преподобных Александра, при котором велось строительство белокаменного собора, и Ефрема.

С 1990 года по благословению Патриарха Алексия II в Спасском храме восстановлена знаменитая традиция Спасо-Андроникова монастыря – знаменное пение. И ныне некоторые богослужения отправляются одноголосным (унисонным) знаменным распевом . Возродил древнее знаменное пение Борис Павлович Кутузов, прекрасный знаток, собиратель и исследователь древнерусского пения.

Знаменный распев – основной богослужебный распев Русской Православной Церкви, сложившийся уже в XII веке (некоторые его памятники восходят к XI столетию). Название распев получил от использовавшихся для его записи знаков – «знамен» (или «крюков»).

В чем же отличие знаменного распева от другой церковной музыки? Христианская культура с самого начала отвергла античные музыкальные каноны, выработав собственную мелодическую форму, отвечающую задачам богослужения, – распев, то есть распевание текстов. Музыка сопровождает или оформляет, украшает богослужение, неизбежно взывая к чувственному восприятию. А распев – это чтение псалмов, молитв или гимнов с помощью простой мелодической формулы (интонации). В основе распева лежит слово. Принцип знаменного распева удален от «духовной музыки», как иконопись – от живописи религиозного содержания. Знаменное пение наиболее точно соответствует духу русского православного богослужения. Его одноголосие «понуждает» человека к молитве, помогает сконцентрировать внимание, а не рассеивает его, как принятое во многих храмах партесное пение.

Возвращение к знаменному распеву затруднено различием двух музыкальных систем: модальной (к ней относится знаменное пение) и европейской мажоро-минорной тональной, к которой мы давно привыкли. Приход Спасского собора сделал многое для решения этой проблемы: его клирос использует современную пятилинейную нотацию, в нее переведены с крюковой записи все службы, а сборники нот выпущены издательским отделом и доступны интересующимся. При храме действовала школа знаменного пения. На занятиях, проходивших раз в неделю, изучали историю, теорию знаменного пения, методы расшифровки крюковой нотации и распева стихир.

Приход Спасского собора ведет активную издательскую деятельность: он переиздал книгу архиепископа Сергия (Спасского) «Историческое описание московского Спасо-Андроникова монастыря», прориси протоиерея Вячеслава Савиных «Изображение Божией Матери и святых Православной Церкви». Выходит периодический научный журнал «Хоругвь» , в котором печатаются материалы по истории церкви, статьи по проблемам современного иконописания.

В 1993 году в монастыре произошло удивительное событие: Господь напомнил людям о воскресении мертвых, Страшном Суде и Царствии Небесном, явив чудесным образом, с благоуханием, мощи четырех монахов в Своей славе. В раскопе под алтарем Спасского собора Андроникова монастыря при проведении строительных работ по устройству фундамента для престола археологи обнаружили древний престол и две пары параллельных захоронений. Два гроба находились ближе к фундаменту северной стороны апсиды, а две выдолбленные из дуба колоды – ближе к фундаменту южной стороны. По свидетельству очевидцев, о том, что найденные останки – мощи святых, говорило сопровождавшее открытие чудесное явление – благоухание, которое то появлялось, то исчезало.

Помимо останков в захоронениях сохранились плетеный параман (плат с изображением Креста Господня, орудий Его страстей и черепа Адама, носимый монахами на груди), плесницы (погребальная обувь) из кожи, кожаный пояс с металлической пряжкой. Все эти находки можно отнести к концу XIV – первой четверти XV века.

Во время археологических работ 4 января 1994 года раскоп посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, поклонился святыням. Можно было предположить, что имело место обретение мощей четырех первых настоятелей обители – преподобных Андроника и Саввы, Александра и Ефрема. Но история не так просто открывает свои тайны. Ясно одно: здесь погребены монахи, святые подвижники, но кто они – определить пока не удалось.

В феврале–мае 2003 года в северо-западном секторе раскопа открылось еще одно захоронение. Специалисты пришли к выводу: это останки двух мужчин, приблизительно 50-ти и 70-ти лет; погребение является перезахоронением монахов. Место обретения останков – на северо-запад от алтаря – вполне укладывается в теорию П.Д. Барановского о расположении могил святых иконописцев Андрея Рублева и Даниила.

Но почему – перезахоронение? В рукописном сборнике начала XIX века «Четьи-Минеи инока Керженского монастыря Ионы» сообщается о том, что святые мощи преподобных Андрея и Даниила «погребены и почивают в Андроникове монастыре под старою колокольнею, которая в недавнем времени разорена, и место сравнено с землею». Новую колокольню построили в 90-х годах XVIII века, несколько ранее снесли старую, возможно, керженский инок Иона не знал, что мощи иконописцев перезахоронены? В любом случае, участок, примыкающий к собору, почти не затронут археологическими исследованиями и ждет своего часа. А кем были два этих монаха – пока неизвестно…

По благословению Патриарха Алексия II все обретенные мощи переложены в новые ковчеги и помещены в алтаре храма. «Дивен Бог во святых Своих». Почитается прежде всего Бог, если Богу угодно, то люди узнают и имена святых, чьи мощи обретены. Мощи являются для почитания Бога, как напоминание о воскресении мертвых, о Страшном Суде, о Царствии Небесном. Определение имен шести святых монахов – задача духовенства, молитвенников, археологов, историков. Она разрешится, если на то будет воля Божия и, конечно, старание людей. Спасский собор Андроникова монастыря – великая святыня Отечества, его народа. Несомненно, честные мощи шести святых монахов будут выставлены для поклонения.

В 1995 году к Спасскому собору возвратилась приписанная к монастырю часовня «Проща», что находится на улице Сергия Радонежского. До этого времени в ней размещалась часовая мастерская. Усилиями прихода Спасского собора часовня отреставрирована.

В год празднования 2000-летия Рождества Христова приход Спасского собора заложил близ стен Андрониковой обители, на территории старого монастырского кладбища храм во имя Святого благоверного великого князя Дмитрия Донского . Храм освящен 20 декабря 2015 года.

Важным событием стало посещение Спасо-Андроникова монастыря 31 марта 2010 года Патриархом Московским и всея Руси Кириллом. Он сказал: «Для меня большая радость посетить Спасо-Андроников монастырь. Я действительно никогда в жизни не переступал порога Спасского собора и не бывал на территории этого монастыря – никак не складывалось. И поэтому я сегодня с особым чувством прикоснулся к этим древностям – замечательно, что они сохраняются. Несмотря на лихолетье, через которое прошли и страна, и Церковь наша, сохраняются святыни, сохраняются древние храмы. Дай Бог, чтобы здесь всегда теплилась молитва, чтобы стены, которые были предназначены для молитвы, молитвой наполнялись.

Я верю, что Господь мирно управит пути и культуры, и Церкви для того, чтобы нам не сталкиваться, не вступать в конфликт. Потому что мы всегда делали одно общее дело и должны делать его и сегодня, но на той основе, которая была бы справедливой и соответствовала бы чаяниям тех людей, для которых и были построены эти храмы и монастыри – то есть для чад Русской Православной Церкви. Но одновременно сокровище нашей культуры, наша замечательная иконопись должна говорить не только людям православным, но всем, кто желает услышать ее голос, потому что иконы несут в себе огромную духовную силу. И соприкосновение с этой святыней, соприкосновение с этими внешними выражениями силы духа не могут оставить безразличным каждого человека, кто мало-мальски способен воспринимать язык, запечатленный в наших исторических памятниках.

Я хотел бы сердечно пожелать Вам, отец Вячеслав, и братии святаго храма сего мирного и спокойного жития, доброго взаимодействия с музеем. Вы правильно сказали, нужно молиться, чтобы все устроилось. Я надеюсь, что с Божией помощью так и будет. Но в отличие от тех, кто в свое время закрывал и разорял храмы, причиняя скорбь и страдания людям, Церковь никогда по такому пути не пойдет. Она никому не будет причинять скорбь и страдание, но молитвой, приклоняя милость Божию, будет достигать справедливых и правильных решений».

По окончании богослужения Предстоятеля Русской Православной Церкви приветствовал протоиерей Вячеслав Савиных, который преподнес Его Святейшеству икону с изображением Распятия Спасителя. Святейший Владыка посетил крипту Спасского собора.

Из книги:  Т.В. Барсегян (Куксинская) «Московский Спасо-Андроников монастырь»